阿克塞县始终坚持教育优先发展的战略地位，将义务教育均衡发展、促进教育公平纳入经济社会发展规划，1998年随着县城整体搬迁，对城镇学校布局结构首先进行了较大的调整，将原县中学、民族中学合并为县中学，原城关小学、民族小学合并为县小学，新建县幼儿园一所，全县建成了具有较高标准的“两校一园”。2005年和2006年先后将和平乡小学和多坝沟乡小学并入县小学，全县学校布局调整完成，城乡少年、儿童和适龄幼儿全部集中在县城学校就读，学校布局结构调整，使全县各类教育资源得到整合和优化，加快了城乡教育一体化进程，使全县各族城乡少年儿童均享受到同等优质的教育服务，促进了教育公平，实现了教育资源的均衡和就学机会的均衡。
为进一步改善办学条件，县委、政府高度重视教育惠民实事落实，不断加大教育投入，“十一五”期间，县政府投入3000多万元，先后完成了中小学生活服务楼、县幼儿园教学辅助楼及设施配套建设、“两校一园”标准化校门建设、中学语音教室改造、广播设施建设、幼儿园园内地面改造及各校园信息化建设等项目，实现了网络及多媒体教学设备“班班通”，民族教育步入了信息化教育的快车道。2013年，投资1000多万元，实施了“两校一园”音乐教室器材设施配备、完成了县中学标准化操场建设及教学楼立面改造等项目，为各校园配备了实验室、音乐教室器材及电子白板等基础设施。
2006年春季，阿克塞县在全面落实“两免一补”政策的基础上，实施了义务教育全免费政策；2007年实施普通高中异地办学免费和补助政策；2009年春季开始实施适龄幼儿免费学前教育，阿克塞县率先实现了由义务教育向学前教育和普通高中教育延伸的十五年全免费教育。同时，将流动人口子女就学纳入了教育发展规划，纳入财政保障体系，建立了以政府为主导、社会广泛参与的农村儿童关爱服务体系和动态监测机制，各学校建立留守儿童之家，县财政定期发放助学贷款、家庭助学金等各类补助，使教育均衡发展不仅覆盖了义务教育阶段，而且延伸到了学前教育和高中教育，实现了教育均衡发展的全覆盖。
